კრასუსის დაღუპვა მნიშვნელოვალი მოვლენა იყო რომის პოლიტიკურ ცხოვრებაში, რომელმაც საბოლოოდ დაშალა ტრიუმვირატი. პომპეუსმა დემოკრატიული პარტიიდან არისტოკრატიულ-ოპტიმატურ პარტიაში იწყო გადასვლა თანდათან. პომპეუსი დაუახლოვდა რესპუბლიკის ლიდერებს, განსაკუთრებით კი კატონს. კლოდიუს-მილონის შეიარაღებული კონფლიქტის შემდგომ, რომელსაც თავათ კლოდიუსი შეეწირა (კეისრის მომხრე), რომში საგანგებო უფლებები გადაეცა პომპეუსს. პომპეუსმა რამოდენიმე კანონი დაამტკიცებინა სენატს, რაც კეისარს ურთულებდა 48 წლისთვის კონსულად არჩევას. მართალია პომპეუსმა შენიშვნა შეიტანა კანონებში – ეს კეისარზე არ ვრცელდებაო, მაგრამ კომიციამ ეს შენიშვნა არ დაამტკიცა. ამრიგად, 52 წ. შექმნილმა სოციალურ-პოლიტიკურმა ვითარებამ რომში განამტკიცა პომპეუსის კავშირი ოპტიმატებთან. მკვეთრად გაძლიერდა კეისრის მტრების პოზიციები, რომელთაც სათავეში ედგა კატონი; მთელი მოძრობის იდეოლოგი კი იყო მარკუს ტულიუს ციცერონი . 51 წ. გამოვიდა მისი ტრაქტატი “სახელმწიფოს შესახებ” (“De Republica”). 51-49 წწ. კონსულებად ინიშნებოდნენ კეისრის მტრები. ყოველივე ეს რომის მსოფლიო რესპუბლიკას სამოქალაქო ომისკენ მიაქანებდა.
რომში პოლიტიკური სიტუაციის გამწვავებამ გამოიწვია კეისრის კონტრ-ზომები. კეისრის მთავარი სამხედრო ძალები კონცენტრირებული იყო ტრანზალპიურ გალიაში. თვითონ კეისარი კი ერთი ლეგიონით იდგა ცისალპიურ გალიაში. კეისარი ცდილობდა დაენახებინა რომისთვის, რომ ის მაქსიმალურად ცდილობდა სამოქალაქო ომის თავიდან აცილებას. კეისარმა შესთავაზა სენატს დაემტკიცებინათ მისთვის 2 ლეგიონი და ცისალპიური პროვინციისა და ილირიკის მმართველობა. სენატმა ეს საკითხი 49 წ. იანვარში განიხილა და უარჰყო. ციცერონი ცდილობდა ოპტიმალური გამოსავლის მოძებნას, მაგრამ არისტოკრატიული ფრთის უკიდურესმა წარმომადგენლებმა იმარჯვეს და დაამტკიცეს დადგენილება, რომლის თანახმად კეისარს დაუყოვნებლივ უნდა დაეტოვებინა დაკავებული თანამდებობა. კეისრის მომხრეებმა, სახალხო ტრიბუნებმა – მარკუს ანტონიუსმა და კვინტუს კასიუსმა ამ დადგენილებას ვეტო დაადეს. ოპტიმატები მტრულად შეხვდნენ სახალხო ტრიბუნთა გამოსვლას, ეს უკანასკნელნი კი იძულებულნი გახდნენ გაქცეულიყვნენ რომიდან გალიაში, კეისართან.
49 წ. 10 იანვარს, გაიუს იულიუს კეისარი ერთი ლეგიონით მიადგა მდინარე რუბიკონს. ამ მდინარეზე გადასვლის უფლება ჯართან ერთად არცერთ მთავარსარდალს არ ჰქონდა. კეისარი დიდხანს ფიქრობდა ამ პატარა მდინრეზე გადებულ პატარა ხიდის წინ. ბოლოს ხმამაღლა წარმოთქვა: “წილი ნაყარია!” კეისარმა მდინარეზე გადაიყვანა თავისი (მე-13) ლეგიონი და დაიძრა რომისაკენ. ეს კი სამოქალაქო ომის დაწყებას ნიშნავდა. კეისრის მოქმედების მოტივი გახლდათ სახალხო ტრიბუნთა უფლებათა შელახვა; ამით კეისარი სამოქალაქო ომის დაწყების პასუხისმგებლობას თავის მტრებს აკისრებდა. კეისრის რუბიკონზე გადასვლა მის მოწინააღმდეგეთათვის სრული მოულოდნელობა გახლდათ. პომპეუსის მთავარი ძალები ესპანეთში იყო კონცენტრირებული. იტალიაში კეისრის შეჩერება შეუძლებელი გახდა, რამაც განაპირობა პომპეუსის, და მასთან ერთად სენატის უმეტესი ნაწილის გაქცევა რომიდან საბერძნეთში. კეისარი შევიდა რომში. ყველას გასაოცრად, კეისარი დარჩენილ მოწინააღმდეგებს მეგობრულად შეხვდა, რაც მარიუს-სულას კონფლიქტის შემდგომ წარმოუდგენელი გახლდათ. რომიდან კეისარი ესპანეთისკენ დაიძრა, დაამარცხა უმთავარსარდლოდ (უპომპეუსოდ) დარჩენილი ლეგიონები და 49 წ. დასასრულს უმთავრესი ძალები გადასხა საბერძნეთში, ეპირში. პირველი შეტაკება დირაქიუმთან კეისრის მარცხით დასრულდა, თუმც, კეისარმა სწრაფად შესძლო ახალ პოზიციაზე გამაგრება და შემდეგი ბრძოლა ფარსალოსთან (48 წ. 6 ივნისი) ბრწყინვალედ მოიგო. პომპეუსი გაიქცა ეგვიპტეში, სადაც იგი, კეისრის გულის მოსაგებად, ვერაგულად მოკლეს ეგვიპტელებმა გემიდან ნაპირზე გადმოსვლისას. პომპეუსის ჯარის ნაშთები ჩაბარდენ კეისარს. კეისარი კი პომპეუსს დაედევნა; სამი დღის შემდეგ იგი ალექსანდრიაში ჩავიდა, სადაც ეგვიპტელებმა მიართვეს პომპეუსის წარკვეთილი თავი და ბეჭედი. ამის დანახვაზე კეისარს თვალები აეცრემლა. შესაძლოა, ეს არ იყო ფარისევლობა, კეისრის დიდსულოვნების და გულმოწყალობის კვალობაზე (პომპეუსი იყო აგრეთვე კეისრის სიძე – ადრეგარდაცვლილი ქალიშვილის – იულიას მეუღლე).
ეგვიპტეში იმ დროისთვის დინასტიური ბრძოლა მიმდინარეობდა პტოლემეუს ავლეტის ორ შვილს შორის. ანდერძის თანახმად ქვეყანა უნდა ემართა უფროს ქალიშვილს კლეოპატრას ძმასთან – პტოლემეოს დიონისესთან ერთად. დაპირისპირების შემდგომ კლეოპატრა გაძევებულ იქნა ალექსანდრიიდან. ეგვიპტეს კი ერთპიროვნულად მართავდა დიონისე. კეისარმა ეგვიპტეში ჩასვლისთანავე მოითხოვა ვალის დაბრუნება, რომელიც პტოლემეოს ავლეტს აეღო, ბოლომდე გადახდა კი ვერ მოესწრო. ალექსანდრიაში, კეისარს საიდუმლოდ შეხვვდა კლეოპატრა. კეისარი ძლიერ მოხიბლა ეგვიპტის პრინცესამ. შემდგომში, მათი ურთიერთობა დიდ სიყვარულში გადაიზარდა. კლეოპატრას კეისრის მეშვეობით უნდოდა ტახტის დაბრუნება, თვით კეისარს, კი ფული, რაც აუცილებელი იყო მისი პოლიტიკური გეგმების განსახორციელებლად. კეისარმა ეგვიპტის მმართველად ორივე და-ძმა გამოაცხადა, რამაც პტოლემეოსის პარტიის პროტესტი გამოიწვია. პტოლემეოსს ალექსანდრიელებმაც დაუჭირეც მხარი და კონფლიქტი შეიარაღებულ შეტაკებებში გადაიზარდა.
კეისარი და კლეოპატრი; ჟან-ლეონ ჟერომის ნახატი, 1866
ეგვიპტეში კეისარი მცირე ძალებით იყო ჩასული. მისი სიცოცხლე საფრთხეში აღმოჩნდა. კეისარი სასახლეში გამაგრდა, საიდანაც იგერიებდა მტრის თავდასხმებს. ალექსანდრიის პორტში იდგა ეტვიპტური ფლოტი. კეისარი შიშობდა, რომ ეს ფლოტი აჯანყებულთა მხარეზე გადავიდოდა, ამიტომ გასცა ბრძანება დაეწვათ პორტი. სამწუხაროდ, ხანძარმა იმსხვერპლა ალექსანდრიის ცნობილი ბიბლიოთეკაც. როდოსელი ევფრანიოსისა და მითრიდატე პერგამოსელის (მითრიდატე VI უკანონო შვილი) დახმარებით კეისარმა დაამარცხა აჯანყებულები. ეგვიპტის ხელმწიფედ კლეოპატრა დასვა, ეგვიპტე კი რომაელი ხალხის მეგობარ და მოკავშირე ქვეყნად გამოაცხადა. ალექსანდრიის ომმა საშუალება მიცა კეისრის მტრებს ძალები მოეკრიბათ. პონტოს მეფემ, ფარნაკემ (მითრიდატე VI შვილი), ალექსანდრიის ომის დამთავრებისთანვე დაიწყო საომარი მოქმედებები აზიაში. კეისარი წარმოუდგენელი სისწრაფით გადავიდა აზიაში, სადაც 47 წ. აგვისტოში ერთადერთ ბრძოლაში სასტიკად გაანადგურა ფარნაკე. კეისარმა, გამარჯვების აღსანიშნავად სამად სამი სიტყვა მისწერა რომს: მიველ, ვნახე, დავამარცხე (Veni, Vidi, Vici).
აზიის საქმეების მოგვარების შემდგომ კეისარი რომში დაბრუნდა. სამოქალაქო ომის პერიოდში რომის ეკონომიკური მდგომარეობა ძლიერ გაუარესდა, რამაც გამოიწვია ინფლაცია. აქტუალური გახდა ვალთა კასაციის პრობლემა. 49 წ. კეისარმა გამოსცა რამოდენინე კანონი ვალების გადახდის რეგულირებისათვის, რამაც უკმაყოფილება გამოიწვია როგორც მევალეებში, ისევე კრედიტორებში. კეისრის ეკონომიკური პოლიტიკის წინააღმდეგ გამოვიდა ჯერ ცელიუს რუფუსი, შემდეგ კორნელიუს დოლაბელა. მათი მოძრაობა თავიდანვე განწირული იყო. კეისრიანელებმა ორივე აჯანყება ჩაახშეს. კეისარმა რომში წესრიგი აღადგინა. ისევ დაიწყო კონსულთა არჩევა. კეისარმა შეავსო ძალზედ შეთხელებული სენატი, ძირითადად თავისი ცენტურიონებით, რომელთა უმრავლესობა იტალიკურ მუნიციპიათა მცხოვრებლები იყვნენ. 47 წ. აფრიკაში გააქტიურდნენ კეისრის მტრები – რესპუბლიკელები და ნუმიდიის მეფე იუბა. 46 წ. თაფსუსთან კეისარმა დაამარცხა მრავალრიცხოვანი რესპუბლიკური არმია. კატონმა, ყველაზე თავდადებულმა და თანმიმდევრულმა რესპუბლიკელმა შემდგომი წინააღმდეგობა უაზროდ ჩათვალა და თავი მოიკლა. კეისარმა კატონის შვილს მიუსამძიმრა მამის დაღუპვა და გულისტკივილით თქვა: ეჰ, კატონ, შენის სიკვდილით აღმიკვეთე შენთვის სიცოცხლის ჩუქების შესაძლებლობა!”. დაიღუპა მეფე იუბაც; ნუმიდია, კი გამოცხადდა პროვინციად Africa Nova. აფრიკის პროკონსულობა კეისარმა უბოძა სახელოვან ისტორიკოსს სალუსტიუს კრისპუსს. რესპუბლიკელთა უკანასკნელი ძალები თაფსუსის ტრაგედიის შემდეგ (დაიღუპა 50 000 რესპუბლიკელი და მხოლოდ 50 კეისარიანელი) თავმოყრილი იყო ესპანეთში. 45 წ. გაზაფხულზე ყველაზე მეტად სასტიკ და სამკვდრო-სასიცოცხლო ბრძოლაში (სადაც თვით კეისრის სიცოცხე ძაფზე ეკიდა) კეისარმა კვლავ დაამარცხა რესპუბლიკელები; დაეცნენ მათი უკანასკნელი ბასტიონები – კორდუბა და მუნდა. ამით დასრულდა კეისრის პომპეუსელებთან ბრძოლის უკანასკნელი ეტაპი; სამოქალაქო ომი დასრულდა. კეისარი ზეიმობდა – იგი იყო რომის ერთპიროვნული მმართველი.
